第3回 近電セミナー

物理工学懇談会協賛、化学生命系セミナー協賛

日時:12月13日(水)  16時30分〜18時00分
場所:東6号館803号室

題目: 生物学的レアイベントを再現/予測する効率的構造サンプリング手法の開発
講師: 原田隆平
筑波大学計算科学研究センター  
E-mail: ryuhei[at]ccs.tsukuba.ac.jp

要旨:生体分子の機能発現に関係する構造変化は長時間の確率過程で観測される生物学的「レアイベント」であるため, 
長時間の分子動力学シミュレーション(MD)を実行しても確実に観測出来る保証はない. 
現状のMDにおける時間スケール問題を打開するため, 我々は, 長時間MDに代えて複数の異なる初期構造から
短時間MDを独立かつ超並列に繰り返し実行する「カスケード型超並列シミュレーション」の概念を提案し, 
生体機能に関係する遷移経路の探索に成功してきた. 本セミナーでは, 方法論の詳細と最近の適用研究について解説する.


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